De Oude Rijnmond kreeg betekenis toen deze de noordgrens (Limes) werd van het Romeinse Rijk. Langs de Limes werden door de Romeinen Castella (grensforten) gebouwd. Eén van de bekendste en in die tijd ook een van de belangrijkste, was het castellum Praetorium Agrippinae (Valkenburg). Het eerste fort werd door de keizer Caligula gebouwd in het jaar 39.
Omdat in de meidagen van 1940 een groot deel van het dorp was verwoest konden de archeologen ongehinderd de opgravingen starten. Er werden zeven boven elkaar liggende forten blootgelegd. Het gehele dorp, inclusief het vliegveld, is een beschermd archeologisch gebied.
Valkenburg is de oudste gemeenschap binnen de gemeente Katwijk. Rond 800 werd in Valkenburg een van de eerste parochiekerken in de regio gesticht. Samen met de beide Katwijken vormde Valkenburg een ambacht. Oorspronkelijk maakte het ambacht deel uit van het bisdom Utrecht en kreeg daarbij het recht markt te houden. Zo ontstond in 837 de oudste paardenmarkt van Nederland, die nog steeds ieder jaar in september gehouden wordt.
In de twaalfde eeuw ging het ambacht echter over naar de graven van Holland, waar het deel uitmaakte van het baljuwschap Rijnland. In 1460 werd Valkenburg een ambachtsheerlijkheid met o.a. een eigen rechtspraak, baljuwschap.
In 1615 werd Valkenburg door de heren van Wassenaar verkocht. Valkenburg werd een zelfstandige ambachtsheerlijkheid en de beide Katwijken werden samengevoegd met ‘t Zand. In 1795 werden door de Bataafse republiek de ambachtsheerlijkheden afgeschaft en werd Valkenburg een gemeente wel met nog een eigen rechtspraak. Gedurende de Franse overheersing werden in 1810 Valkenburg en de Katwijken weer samengevoegd. Op 1 april 1817 werd Valkenburg weer een zelfstandige gemeente. Gedurende de Duitse overheersing werd in 1941 besloten Valkenburg en Katwijk weer samen te voegen, Katwijk was echter tegen. In 1966 volgde nog een uitbreiding met de Ommendijkse polder, ten oosten van de Wassenaarse wetering tot aan de A44, waar nu het Valkenburgse Meer, “gat van Lagendijk” ligt.
Op 1 januari 2006 is Valkenburg samen met de gemeenten Rijnsburg en Katwijk opgegaan in de nieuwe gemeente Katwijk.
